动物皮张基因组DNA三种提取方法比较(2)

　　2.1三种方法提取的基因组DNA紫外分光光度计检测
　　由表1可知，A、B、C三种方法获得的DNA质量在A260和A280值上有明显区别，B方法的A260值最高达100以上，A280值最高也达到50以上；C方法虽然A260和A280值比B方法稍低，但总体上数值仍然偏高。原因可能是B和C两方法提取的DNA纯度不高，含有较多苯酚、盐酸胍、聚乙二醇等杂质。过多的杂质污染进而导致样品浓度过高，两方法获得DNA浓度均大于500ng/μL，远高于方法A的DNA浓度。利用方法A提取的DNA浓度范围为74.8～177.5ng/μL，A260/A280在2.0左右，虽仍有部分RNA污染，但DNA纯度相对B、C两方法要好。
　　2.2三种方法提取的基因组DNA琼脂糖凝胶电泳分析
　　从琼脂糖凝胶电泳图可以看出，三种方法均可从驴皮张中提取出基因组DNA，但获得的DNA量有显著差别。其中A方法的基因组DNA琼脂糖凝胶电泳图条带最弱，出现拖带现象，提取量最少（图1）；B方法的基因组DNA提取量相对A方法稍多，但DNA降解较为严重，且杂质较多，不够纯净（图2）；C方法的基因组DNA提取量相对于A、B两方法最多，条带最为明亮，提取效果最好，但存在降解现象及RNA等杂质污染（图3）。
　　2.3三种方法提取的基因组DNA的PCR扩增检测
　　以三种方法提取的基因组DNA为模板，设计合成的引物扩增目的片段。由图4～6可知，三种方法均能很好地进行目的片段的扩增，且条带清晰，带型整齐，说明三种方法均能从干燥的驴皮张中提取较好质量的基因组DNA，且都能够应用于后续的分子生物学实验。
　　3结论与讨论
　　玻璃奶是一种特殊制备的以二氧化硅作为悬浮物的水溶液，具备快速、定量、特异性结合DNA的能力，可以取代有毒的有机物苯酚、氯仿等用于分离和纯化DNA。在高盐溶液中，核酸是不溶的，可被吸附至玻璃基质上，而蛋白质在高盐溶液中是高度溶解的，脂类物质悬浮于溶液表面，从而起到纯化分离DNA的作用。将二氧化硅用于DNA的纯化最早见于Engelstein等的报道，他们采用此法纯化出了测序级的模板DNA。该法不仅杜绝了如酚、氯仿等对身体有毒害药品的使用，而且可达到高效、快速、批量提取DNA的目的，具有经济、实用、高效、无毒的特点。本研究利用SDS-蛋白酶K结合Chelex-100法提取动物皮张中的微量DNA，能获取较高浓度的DNA，进一步利用玻璃奶DNA纯化技术能显著去除残留的蛋白和金属离子等污染，显著提高了DNA纯度。
　　将本研究使用Chelex-100结合玻璃奶提取驴皮张全基因组DNA的方法与前人报道方法和试剂盒法提取所得基因组DNA分别利用紫外分光光度计、琼脂糖凝胶电泳以及PCR扩增技术进行评估，综合分析可知，A方法所提基因组DNA虽然量较少但纯度较高，电泳均能显示出条带，并且能够很好地扩增目的片段，满足分子生物学实验要求，此外，所用试剂、仪器费用较低且操作较为简单，耗时14小时，相对B方法时间较短。B方法获取的基因组DNA浓度较高，也能用于PCR扩增目的条带，虽然操作以及仪器试剂和A方法相似，但基因组DNA电泳条带及吸光值显示其存在蛋白质、RNA以及其他杂质污染，且电泳条带也不是很整齐，耗时20小时，时间相对较长。C方法所提基因组DNA浓度居中，条带清晰整齐，能很好地进行目的片段PCR扩增，但从其吸光值来看，可能存在较多的酚、聚乙二醇、盐酸胍等杂质污染，且试剂盒价格相对较为昂贵。
　　综上所述，本研究三种方法均可用于干燥动物皮张基因组DNA的提取，通过对比分析，方法A即本研究发明的SDS-蛋白酶K结合Chelex-100法和玻璃奶纯化技术提取获得的基因组DNA纯度较高，杂质较少，且操作简单，所用仪器、试剂均价格低廉，相对于方法B和C能更好地应用于分子生物学实验。

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