东线治污规划实施之初（"十五"期间），在总结、吸收、借鉴国内外流域治理的经验基础上，率先在全国确定了以控制单元为基础的重点流域治污规划实施的总体方向，并在国务院批转的《南水北调东线工程治污规划实施意见》（国函[2003]104号，以下简称《实施意见》）中将其确定为治污工作的基本思路，予以明确，并一以贯之。以控制单元为基础，制定治污实施方案是对规划执行的细化、补充和延伸，是水质、总量目标的再分配过程，是对具体项目、投资、责任的细化和落实，属分区域的详规。

　　根据东线治污规划，国家有关部门组织江苏、山东两省分别制定了41个控制单元实施方案（其中江苏14个，山东27个），对规划确定的治污项目进行了优化、调整，增加了船舶污染防治项目和城市生活垃圾处理项目，调整了部分截污导流项目和工业水污染治理项目，共安排了工业结构调整、工业综合治理、城镇污水处理及再生利用、流域综合治理和截污导流等5大类项目426项，总投资153亿元[45]。

　　通过实施方案，将"以支流保干流，以区域目标实现、保干线清水廊道"的规划指导思想，落实到具体控制单元，将国内流域治污规划中首次采用的流域综合整治及截污导流等系统工程项目，融入控制单元治污体系内；将"治理、截污、导流、回用、整治"一体化的规划治污措施，细化对应到具体的实施方案，并率先将水域纳污容量的核定和污染物总量减排进行了有效对接；同时，将"水质、总量、项目、资金、责任"五位一体的治污管理目标，对应到责任辖区和责任单位，通过层层签订目标责任书等形式，实现治污责、权、利的统一，开创了重点流域治污的新模式。

　　"十一五"期间，东线治污以控制单元实施方案为抓手，全面推动规划措施落实，2010年实施方案确定的426项治污项目全部开工，并完成404项，完成率948%；淮河流域控制片COD实际入河量为531万t，氨氮实际入河量043万t，分别较"十五"末的2005年削减了706%和778%，基本达到控制目标要求；黄河以南实测的35个控制断面中，有26个断面水质达到规划治理目标，达标率为743%，治污初见成效。

　　"十二五"初期，针对江苏复新河等3个水质不稳定达标控制单元，山东洸府河等9个不稳定达标和不达标控制单元，又组织江苏、山东两省对各控制单元水质目标、容量总量、项目配置进行研究，制定并实施了控制单元补充实施方案[69]，采取针对性的"一河一策"措施，深化达标治理。

　　2.2建立健全体制规制保障治污措施的落实

　　2.2.1建立协调、有效的治污管理体制

　　治污工作涉及多个职能部门，国务院南水北调工程建设委员会办公室（以下简称国务院南水北调办）充分发挥协调职责，变"九龙分治"为"九龙共治"，建立了"职责清晰、责权一致、考核完备、监督有力"的东线治污管理体制。

　　（1）理清治污职责。东线治污规划批准后，国务院南水北调办会同有关部门研究制定了《实施意见》，确定指导思想，明确部门分工，确定目标责任，理清投资渠道，并与江苏、山东两省签订责任书，落实治污目标责任。国务院有关部门在南水北调办统筹协调下，打破行业壁垒，围绕治污目标，发挥各自行业和专业优势，通力协作，合力治污。江苏、山东两省分别建立了"政府领导、部门负责、环保监管、企业治理、舆论监督、公众参与"和"党委领导、人大监督、政府负责、环保监管、部门配合、公众参与、舆论监督"的"大治污、大环保"工作格局。

　　（2）实现责权一致。项目资金落实是规划实施的重要环节。《实施意见》规定，除截污导流项目投资纳入东线一期主体工程外，其他治污项目资金由南水北调工程基金、银行贷款和企业自筹等多渠道筹集。为加快项目实施、简化审批程序，2006年国务院对东线治污资金管理方式进行了调整，明确江苏、山东两省征收的用于治污的南水北调工程基金，不再上缴中央，由两省包干使用。2007年国家有关部门对截污导流工程审批方式进行调整，权利下放，资金定补，进一步落实了项目、资金、水质"三包干"，实现了责权的统一。